知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信：在26个字母的盘旋飞舞中，他来拜领无价的“命运的宝石”。毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析，认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石，当晚他及柯南、小兰等人来到剧场，那里早有诸多警察守候。令柯南吃惊的是，基德竟扮成工藤新一出现在众人面前，但他及众人方向不同的紧张过后，宝石并没被盗，柯南醒悟字母预告信与航班相关。而柯南、小兰、牧树里及其同事搭乘的前往北海道...

一年战争已告一段落的三年后，基于地球联邦军重建计划而被提议的“高达开发计划”开始执行，其中的两台原型机RX-78GP01与RX-78GP02A为了实施性能测试而搬运至澳大利亚"托林顿"基地，但是吉恩残党查知此项计划，并且袭击该基地企图夺取装载有核弹的GP02A。曾经被称呼为“所罗门的恶梦”的吉恩军王牌机师阿纳贝尔•卡多少校（又译为阿纳贝鲁•卡图）成功的搭上了GP02A，但是在企...

本片由三段互无关联的故事组成。《她的回忆》：2092年，由伊瓦诺夫领导的太空垃圾回收飞船在返航途中接收到来自“宇宙坟场”的求救信号，特殊的是，信号中掺杂着歌剧《蝴蝶夫人》的唱段。队员汉兹与米格尔前往施救，却进入了一位歌剧演员艾娃的回忆，这些栩栩如生的回忆场景对船员们产生了威胁；《最臭兵器》：供职于制药公司的小职员田中信男拖着病体赶回公司，无意中服用了公司与军方合作的实验药品。自此信男成为了制造致命...

在遥远的未来，一个说不定是被称作为地球也不一定的惑星，有一群全身机械化的武士们在那儿长期的战斗。当大地化为焦土，战争终告终结。人们再次耕种稻田，生产出不至于让生活有困难的数量的米。位于被群山环绕受到湿润气候恩惠的“钪纳村”也正在从战争的伤害中重新站起来，受惠于盛产的稻米。但是村里的人们却不能因为米量的丰渥而快乐起来。因为每年都会有黑色威胁“山贼”——过去再战场上风光一时的机械化武士们，数之不尽的席...

废铁城中一位叫艾德的医生，有天在垃圾山上找到一个少女的机械残躯。原来她的脑袋还保持著假死的状态，艾德成功把她救活并为她改名为凯丽，但她已失去了以前的记忆。艾德除了是医生外，原来也是奖金猎人。在缉捕犯人的战斗他清楚知道废铁城的黑暗，所以他希望凯丽能像个普通女孩子般过著幸福的生活。但在一次偶然的机会下，发现凯丽原来懂得已失传的火星古武术「机甲术」。虽然记忆失去，但她身体流著战斗的血，令她不理艾德的反对...

在未来，南极的上空出现了被称为“通路”的蘑菇云般的时空通路，外星生物“迦姆”利用它发动了对地球的攻击。经过33年惨烈的战斗，人类终于将“迦姆”封印于道路的彼端——菲雅利星球。然后，随着迦姆的消失，人们开始渐渐淡忘了这件事，但战斗仍然在菲雅利星球继续着……原作《战斗妖精雪风》为荣获日本科幻大会星云赏的神林长平小说代表作，由精于3D动画以《青之六号》《LastExile》为代表作的Gonzo小组改编为...