拥有一头青色头发的男主角名字将叫作深井青(フカイ·アオ，这名字在日语中带有“深青”的意义），是一名13岁少年。青的父亲兰顿·萨斯顿(RentonThurston、レントン·サーストン)行踪不明，而母亲优莱卡(Eureka、エウレカ)也在10年前被美军带走了。由于继承了母亲的特殊基因，使得他能够看见人眼所不能看到的东西，如粒径为20nm大小的光粒子，红外线、紫外线等等（但在外太空这一特殊生理受到限制...

围绕所有生命起源地——神圣湖泊格兰雷库，阿德兹联邦与托兰王国展开了旷日持久的战争，彻底摧毁了这里的祥和与宁静。阿德兹联邦野心勃勃，妄图称霸世界。在它强大武力的攻势下，托兰王国被逼上危险境地。关键时刻，乘坐着小型飞艇的空族少女法姆（丰崎爱生配音）出现在托兰王国的公主们的面前。她是居住在靠近天空之城“卡尔塔法尔”的空族少女，天性爱好和平。法姆不由分说加入战局，而阿德兹联邦总统鲁斯吉尼亚（兴津和幸配音）...

从小生活在大山深处的大山滨路（寿美菜子配音），虽然只是一名14岁的少女，却在爷爷的训练下拥有过硬的捕猎技能，一门夸张的铁炮更是威力无比。爷爷去世后，他接到哥哥道节（小西克幸配音）的来信。为了成为武士，道节早年只身闯荡江户，却一直未能如愿。滨路收拾好行囊，起身前往江户寻找哥哥。与此同时，江户内拥有人与狗血统的怪物“伏”肆虐横行，将军悬赏对其进行捕杀。道节窥到其中成名的希望，于是希望借助妹妹的力量猎杀...